Sebagaimana namanya, mutiara hasil budidaya melewati serangkaian proses dengan campur tangan manusia. Walaupun sebagian besar waktu pembentukan mutiara budidaya berada di dalam kerang, namun manusia berperan penting dalam meyakinkan bahwa mutiara di dalam kerang itu terbentuk sesuai keinginannya. Sejak proses penyisipan bahkan jauh sebelum proses ini berlangsung, untuk meyakinkan bahwa mutiara budidaya terbentuk dengan baik, kerang-kerang yang layak disisip telah diseleksi dengan baik. Walaupun toh pada akhirnya, sampai saat ini, produksi mutiara hasil budidaya kelas terbaik masih sangat minim dibandingkan dengan kelas di bawahnya.
Alam menyediakan bibit kerang mutiara budidaya. Bibit kerang mutiara ini dikumpulkan dengan menggunakan perangkap-perangkap larva (kolektor) yang diletakkan di laut. Material dan model kolektor ini bervariasi. Material kolektor bisa berasal dari alam seperti sabut kelapa dan ijuk maupun buatan seperti kain dan plastik. Sementara modelnya bervariasi dari bentuk sapu sampai ke bentuk panel. Prinsipnya adalah menyediakan substrat atau tempat untuk menempel bagi larva kerang mutiara yang bermetamorfosis menjadi spat. Namun demikian, bukan hanya spat kerang mutiara saja yang menempel di koletor ini, namun bisa saja organisme lainnya. Kolektor-kolektor ini digantung pada longline atau sarana apung lainnya. Lamanya perendaman sebenarnya tergantung dari tingkat pertumbuhan spat yang mencapai ukuran yang bisa dikenal sehingga bisa dibedakan dengan spat kerang jenis lain. Secara teoritis, perendaman bisa lebih dari 2 bulan tergantung jenis kerang yang akan dibudidayakan. Kolektor kemudian dibersihkan dari jenis kerang lain dan organisme pengotor lainnya (biofouling) sehingga memungkinkan spat bertumbuh dengan leluasa. Setelah itu, jenis yang akan dibudidayakan diambil dengan hati-hati karena kondisi mereka sangat rentan. Mengingat mereka menempel dengan bysus sehingga pengambilan spat adalah dengan memotong bysusnya bukan dengan menarik keluar spat itu dengan paksa. Mereka juga rentan terhadap perubahan suhu dan lamanya mereka terekspos di luar air. Kerang muda ini dipindahkan ke kotak panel yang memiliki ruang leluasa bagi mereka untuk bertumbuh. Lewat pemahaman ini, pengetahuan akan sebaran jenis atau spesies kerang mutiara di perairan sangat dibutuhkan sebelum memutuskan untuk membuat usaha budidaya kerang mutiara yang membutuhkan suplai bibit dari alam.
Seiring dengan meningkatnya ilmu pengetahuan dan teknologi, kerang mutiara budidaya saat ini mengalami pergeseran dari mencari bibit di alam ke bibit hasil hatchery. Beberapa negara mulai mengembangkan program selektive breeding yaitu pada prinsipnya menyeleksi kerang yang memiliki karakter bagus untuk dijadikan induk. Karakter bagus dalam hal ini dititik beratkan pada melihat pertumbuhan kerang dibandingkan kerang seusianya, morfologi dari cangkang dan warna nacre (MoP) kerang. Mengingat tujuan kebanyakan budidaya komersial dari kerang mutiara adalah memproduksi mutiara bulat, sehingga bentuk morfologi sepasang cangkang yang menciptakan ruang yang besar dan leluasa pada bagian internalnya, menjadi salah satu pertimbangan untuk memproduksi anakan kerang host (kerang yang akan disisipkan inti mutiara). Sementara kerang yang memiliki warna dan kondisi MoP terbaik dijadikan sebagai induk untuk memproduksi saibo, mengingat saibo sangat menentukan kualitas mutiara yang dihasilkan.
Dalam proses perbanyakan dengan sistem hatchery. Induk kerang mutiara biasanya diseleksi apabila kondisinya sudah mencapai matang gonad. Caranya adalah dengan membuka cangkang dengan shell opener dan memeriksa bagian gonad dengan terlebih dahulu mengibaskan insang yang menutupi areal bagian dalam kerang. Gonad biasanya langsung terlihat pada kerang matang gonad saat insang dikibaskan karena bagian gonad ini memakan tempat yang cukup besar dengan warnah cerah mencolok. Untuk kerang betina biasanya warna gonadnya adalah krim cerah sedangkan jantan adalah putih. Untuk membedakan gonad kedua kelamin kerang memang diperlukan latihan yang berulang-ulang mengingat kadangkala warna gonad jantan terlihat menyerupai warna betina, atau sebaliknya.
